Giáo hoàng Piô XI vinh thăng ông thành Hồng y đẳng Linh mục Santa Maria in Via trong công nghị ngày 24 tháng 3 năm 1924. Người ta suy đoán rằng Giáo hoàng đã trì hoãn việc vinh thăng Hồng y đoàn vì một nhóm từ Nhà thờ chính tòa Thánh Patriciô đã ném đá Câu lạc bộ Union vì treo cờ Anh Quốc, nhưng Piô vẫn nồng nhiệt chào đón Hayes là "hiền đệ thân yêu" tại công nghị.[4][10]

Vị hồng y phản đối việc cấm rượu, ủng hộ luật pháp để hạn chế sự thiếu công chính trước công chúng và chứng thực cho việc giảm thất nghiệp trong cuộc Đại khủng hoảng. Nhận xét về cuộc Khủng hoảng năm 1931, ông nói: "Người dân Mỹ đang trải qua sự trở lại với tôn giáo sau một thời kỳ thờ ơ và hoài nghi được đánh dấu bởi sự thịnh vượng của vùng đất... Bây giờ họ trở lại khi họ thấy họ cần gì đó lớn hơn vật chất để đối mặt với nghịch cảnh và căng thẳng."

Sau khi Đấng đáng kính Charles Coughlin ca ngợi cố Thị trưởng New York Jimmy Walker, Hayes, người trước đó đã tố cáo Walker vì sự thiếu đạo đức, đã phán quyết rằng không ai được tổ chức một cuộc tụ họp tôn giáo mà không có sự cho phép của hồng y.[11]

Ngày 24 tháng 6 năm 1924, ông dâng lời cầu khẩn tại lễ khai mạc Hội nghị Quốc gia Dân chủ 1924.[12]

Ông đã sử dụng mối quan hệ của mình với dòng Tammany Hall để sắp xếp sự hỗ trợ của Đảng Dân chủ trong Quốc hội cho pháp luật bảo vệ các trường Công giáo ở Philippines vào năm 1932.[13]

Hayes có một ngôi nhà nghỉ hè ở Dãy Catskill, gần trại Thánh Giuse, được duy trì bởi các nữ tu Dòng Đa Minh ở Amityville; ông từng bắt gặp một nhóm Klan ở đó.[4]

Hayes qua đời ngày 4 tháng 9 năm 1938 vì nhồi máu cơ tim gây ra bởi huyết khối mạch vành ở Monticello, New York, thọ 70 tuổi.[14] Ban đầu, ông được chôn cất trong một nhà nguyện lớn ở trại Thánh Giuse. Sau khi các nữ tu bán tài sản, ông được chôn trong hầm mộ dưới bàn thờ của Nhà thờ chính tòa Thánh Patriciô.

Trường Trung học Hồng y Hayes ở The Bronx được đặt theo tên ông.[15]